La Communauté de l’Emmanuel est constituée dans le droit de l’Eglise d’une Association de Fidèles et d’une Association Cléricale, reconnues par le Saint-Siège. L’Association de Fidèles dépend du Dicastère pour les Laïcs et l’Association Cléricale dépend de la Congrégation pour le Clergé.
L’Association de Fidèles est gouvernée par le modérateur général, assisté du Conseil international de la Communauté de l’Emmanuel, du Conseil de la Fraternité de Jésus et du Bureau international. Ensemble, ils constituent le Gouvernement international. Ils sont responsables du bien commun de la Communauté et des personnes, et fondamentalement du charisme de l’Emmanuel. Le Conseil international et le Modérateur général sont élus par un Collège de prière et d’élection. (cf statuts n°33)
L’Association Cléricale est gouvernée par le Responsable des Ministres Ordonnés et des Séminaristes, assisté du Conseil de l’Association Cléricale, dont le modérateur de la Communauté de l’Emmanuel est membre de droit.
Le Conseil de l’Association de Fidèles et le Conseil de l’Association Cléricale constitue le Collège de Communion.